截止2019年，本科主讲课程（含实验、毕业实习）：代谢途径工程、蛋白质纯化技术（含实验）、发酵工程原理与技术、蛋白质工程（英文）、微生物学、免疫学基础、免疫学原理与技术、合成生物学、分子生物学（含实验）、生命科学导论、生化工程、生物化学（含实验）、生物分离原理与技术（含实验）、食品发酵技术、糖结构解析、糖生物材料、糖生物工程（双语）、糖生物制造、糖与生命科学、细胞生物学（双语，含实验）、微生物遗传育种学、生命科学专题课程、专业英语、新生研讨课（生命科学与技术人才培养基地班&生物工程&生物技术专业）、学科前沿进展等必修和选修课程30门，共计1189学时。

研究生主讲课程：Cell Biology、Microbial Metabolic Engineering、Genetic Engineering、Structure & Function of Bio-macromolecules、学科前沿进展、生化反应动力学和反应器、微生物代谢工程、发酵过程优化与控制、糖生物学、糖化学、高级细胞生物学、科技论文阅读与写作、科研创新方法导论（博）、工程伦理（生工）、学科前沿进展Ⅰ(发酵工程/制糖工程)（博）、高级科技论文写作（博）等必修课程16门，共计430学时。